L’analisi della modalità di interazione tra ligandi e loro proteine bersaglio è cruciale per esplorare diversi aspetti di importanti processi biochimici. Oltre agli esperimenti di laboratorio, vi è un ruolo emergente metodi in silico per investigare le interazioni di ligandi per proteine.
Nello studio in silico di accoppiamento molecolare proteina-ligando significa dove è previsto l’energia di legame e la geometria dei leganti, substrati o potenziali farmaci candidati alle proteine con metodi di chimica computazionale bersaglio .
Il compito di compiti di collegamento molecolare è quello di trovare la migliore proteina ligando geometria complessa. Il problema è generalmente considerata come un compito di ottimizzazione in cui l’obiettivo è quello di minimizzare l’energia di interazione intermolecolari tra due molecole di interesse. Poiché il numero possibile di proteina complessa geometria ligando è generalmente molto grande, differenti algoritmi per la scansione accuratamente lo spazio di possibili conformazioni pur diminuendo la potenza di calcolo necessaria per calcolare accoppiamento vengono utilizzati simultaneamente.
Per questo, un calcolo di docking molecolare costituito dai seguenti passaggi:
(1) Ottimizzazione della geometria ligando, carichi parziali dipendenti pH calcolato, identificare legami girevoli e
(2) Calcolare proprietà elettrostatiche della proteina di interesse e definire la regione di legame ligando,
(3) L’interazione proteina-ligando viene quindi calcolata una funzione di punteggio che comprende termini e le equazioni descrivere energie intermolecolari. Il risultato di un calcolo è una geometria complessa aggancio proteina-ligando e la corrispondente energia di legame. Pertanto, per la corretta interpretazione dei risultati, la rappresentazione di alta qualità di geometria complessa è di grande importanza,
(4) DockingServer integra una serie di software chimica computazionale specificamente destinati parametri correttamente passi di calcolo necessarie ad agganciamento diversa, cioè, l’ottimizzazione del ligando geometria esatta, minimizzazione dell’energia, il calcolo del carico, il calcolo di accoppiamento e rappresentazione complessa proteina-ligando.
Pertanto, l’uso di DockingServer permette all’utente di effettuare calcolo accoppiamento altamente efficiente e robusto che non può essere raggiunto utilizzando solo software finora. Poiché i calcoli vengono eseguiti sui nostri server utilizzando DockingServer non richiede hardware potente o software utente preinstallato.
Il cuore dell’applicazione web DockingServer è il nostro software PHP integrare collegato a un database MySQL, dove diversi compiti vengono gestiti automaticamente da demoni in esecuzione sui nostri server e dati di ingresso viene letto dai dati banca dati e l’uscita saranno indirizzati al database.
Il AutoGrid / AutoDock 4.0 (Morris, et al., 1998), pacchetto software viene utilizzato per calcolare la connessione, permettendo alle proteine di accoppiamento flessibili ai ligandi. Con l’aiuto dei carichi parziali pacchetto software AutoDock e tipi di atomi e proteine leganti possono essere assegnati. Tuttavia, la connessione risultati dei calcoli si basano molto sulla precisione delle posizioni calcolate sul ligando.
Per questo, oltre ad offrire carico parziale calcolo ligando con il pacchetto Auto-Dock integra anche programmi DockingServer Calcolatrice ChemAxon plug-in (Csizmadia, 2000) e il programma MOPAC2007 (Stewart, 2007) per la protonazione pH-dipendente e ligando preciso calcolo carica parziale. Inoltre, l’ottimizzazione della geometria, il perfezionamento della geometria ligando con metodi semiempirici (PM6) può essere effettuata. Conversione automatica formato di file, vengono raggiunti da ChemAxon strumenti necessari.